De oudste vermelding van Werkendam is mogelijk uit 1064, toen er sprake was van Wirkenemunde. De bijbehorende ambachtsheerlijkheid viel niet onder het Land van Altena, maar onder de baljuw van Zuid-Holland, die in Dordrecht zetelde.
De Sint-Elisabethsvloed van 1421 was van grote invloed. Toen werd de Biesbosch gevormd.In 1641 vond een grote dorpsbrand plaats, waarbij 81 huizen in Werkendam en De Werken in vlammen opgingen. Ook vonden er in de 17e eeuw overstromingen plaats en heerste soms de pest.
In 1812 trokken de Kozakken door Werkendam, nadat ze bij Hardinxveld de Merwede waren overgestoken. Op het laatst van de Tweede Wereldoorlog, in 1945, werden in Werkendam nogal wat gebouwen beschadigd, en ook tijdens de Watersnood van 1953 liep een deel van Werkendam onder water. Toch werden vele Werkendammers, als bekwame dijkenbouwers, naar Zeeland gestuurd om aldaar de dijken te dichten.
